update(
    query={Field:{$in:[x],$nin:[y]}},
    update={$addToSet:{Field:z}},
    multi=true
}
монго плодит кучу под-процессов (и соединений) и сильно лочит коллекцию. Что приводит к 90% локу и зависанию скрипта.
Скрипт - в цикле обновляет поля.
Помогает использование вместо мулти-обновления - обновления каждой записи по одной (под-цикл в скрипте).